黔南民族醫學高等專科學校創建于1985年11月，是經教育部批準設立的全日制普通高等專科學校，在黔南州第二人民醫院基礎上改建成立，是當時西南三省唯一的醫學專科學校，1992年更名為黔南民族醫學高等專科學校，2003年，成立45年的黔南民族衛生學校并入。目前，學校是教育部、衛生部首批“卓越醫生教育培養計劃”改革試點院校，全國國防教育特色學校、貴州省人才基地、貴州省民族團結進步創建工作示范學校、全省安全文明校園、貴州省養老服務人才培訓基地、黔南州人才基地，是中國特色高水平衛生健康高職學校建設聯盟和中國衛生健康思想政治工作促進會理事單位。

黔南民族醫學高等專科學校現分杉木湖、青云湖和東山三個校區辦學，校園總占地面積1167.3畝，校舍面積31萬平方米，教學科研行政用房面積191652.33平方米。教學儀器設備總值1.29億元，紙質圖書80.05萬冊，電子圖書45萬冊。

設有醫學系、護理系、藥學系、醫學檢驗系、醫學影像系、口腔系、馬克思主義教學部、基礎醫學部、公共課教學部、高等職業教育與成人繼續教育部，第一附屬醫院（黔南州人民醫院）、第二附屬醫院（黔南州中醫醫院）、附屬都勻醫院（都勻市人民醫院），臨床技能實訓中心等“六系四部三院一中心”，省內外有教學醫院22所，實習醫院及其他實習基地69家。